Porciunkula je jeden z troch kostolíkov, ktoré sv. František vlastnoručne opravil potom, ako k nemu prehovoril ukrižovaný Ježiš z ikony kríža slovami: „František, oprav môj dom, lebo sa rúca.“ Svätec si spočiatku myslel, že Kristus ho posiela opravovať zanedbané a poškodené chrámy. Až neskôr pochopil, že povolanie „opraviť Boží dom” bolo pozvaním k obnove Cirkvi.
Zvláštne pomenovanie "Porciunkula" je talianskym ľudovým výrazom pre niečo veľmi skromné. Tento kostol vznikol ešte v roku 576. František sa pri ňom od roku 1206 zdržiaval so svojimi prvými spoločníkmi a postupne ho opravoval. Bol tak skromným chrámom, že priam zosobňoval hlavnú myšlienku povolania menších bratov – bytie menšími (minorita). Františka silno oslovilo tajomstvo Máriinho života, ktorému je chrám dedikovaný – Panna Mária, Kráľovná anjelov. Mária žila na tejto zemi v úplnej prostote a jednoduchosti ako ponížená služobnica Pána, preto bola v nebi povýšená veľmi vysoko, dokonca aj nad anjelov.
Po cirkevnom schválení spôsobu života menších bratov požiadal František benediktínskych mníchov z hory Subiaco, ktorým Porciunkula patrila, aby mu dovolili urobiť z nej duchovné centrom svojho bratstva. Mnísi mu chceli kostolík darovať. František ale nechcel, aby bratia na tejto zemi niečo vlastnili. Dohodol sa s nimi, že kostol bude jeho bratstvu prenajatý a za používanie zaplatia každý rok košíkom rýb.
Odpustky z Porciunkuly
Tradícia odpustkov z Porciunkuly siaha do roku 1216. Bl. Tomáš z Celana, prvý životopisec sv. Františka, spomína na jej pôvod takto:
«Sv. František bdel v Porciunkule na modlitbách. Zrazu v kostolíku zažiarilo svetlo a František uvidel nad oltárom Krista odetého do svetla, po jeho pravici Božiu Matku v sprievode anjelov. František vzdal Pánovi úctu poklonou až po zem. Pán sa ho pýtal, po čom túži pre spásu duší. František bez rozmýšľania odpovedal: „Nebeský Otče, aj keď som len nehodný hriešnik, prosím, aby bola všetkým, ktorí prídu do tohto kostola s úmyslom vyznať svoje hriechy a prejaviť skrúšenosť, udelená milosť úplného odpustenia dočasných trestov." „Prosíš veľa, brat František" - povedal Pán. Zaslúžiš si ale viac a viac ti bude dané. Prijímam teda tvoju modlitbu, ale pod podmienkou, že v mojom mene predložíš túto žiadosť môjmu námestníkovi na zemi. A František sa bez otáľania dostavil pred tvár Honória III., ktorý bol v tom čase v Perugii a úprimne mu rozpovedal o svojom videní. Pápež ho pozorne vypočul a dal mu dovolenie. Potom sa opýtal: „Na koľko rokov chceš tieto odpustky?" František rýchlo odpovedal: „Svätý Otče neprosím o roky, ale o duše!" A šťastný chcel odísť, ale pápež za ním zavolal: „A nechceš ani nijaký doklad?" A František odpovedal: „Stačí mi tvoje slovo, Svätý Otče! Odpustenie hriechov je Božím dielom, Bohu prináleží zjaviť toto dielo. Nepotrebujem žiadny doklad, pretože Najsvätejšia Panna je dokumentom, Ježiš Kristus notárom a anjeli svedkami." O nekoľko dní potom v prítomnosti umbrijských biskupov zvolal k zhromaždeným veriacim v Porciunkule: „Túžim, aby ste všetci prišli do neba!"»
František z Assisi si vybral Porciunkulu za miesto svojho tranzitu – prechodu na druhý svet. Tento kostolík pokladal za otvorenú bránu do neba, preto bratom prikázal, aby ho tesne pred smrťou priniesli práve sem. V noci z 3. na 4. októbra roku 1226 tu odišiel k Bohu v ich kruhu ležiac na holej zemi. Miesto jeho smrti pripomína dnes tzv. „kaplnka tranzitu“ zriadená v novej monumentálnej bazilike, ktorá prikryla starý pôvodný kostolík i celé jeho okolie.