Hovorí sa, že jezuiti majú tradíciu neprijímať vysoké cirkevné úrady, a to zo skromnosti. Františkáni ich spravidla prijímajú, ale taktiež zo skromnosti. Rád menších bratov dal Cirkvi len niekoľkých pápežov. Každý z nich sa však zapísal do histórie výnimočným osobitným spôsobom.

1. Vicedomino – nedožil sa korunovácie
Prvého z nasledovníkov sv. Františka zvolili za pápeža v roku 1276. Nenájdeme ho ale v oficiálnom zozname Kristových vikárov ani medzi slávnymi portrétmi pápežov v Bazilike sv. Pavla za hradbami.
Páter Vicedomino pochádzal z talianskeho mesta Piacenza a bol synovcom blahoslaveného pápeža Gregora X. Počas svojho života zastával šestnásť rokov úrad arcibiskupa v Aix. Jeho strýko Gregor X. ho 3. júna 1273 kreoval za kardinála a biskupa v Palestrine. Za pápeža bol zvolený 6. septembra roku 1276 počas konkláve vo Viterbe. Voľbu akceptoval, ale umrel ešte v ten istý deň a viterbskí františkánski ho pochovali vo svojom kostole. O dva dni neskôr zvolilo konkláve za pápeža portuglského kardinála Pedra Juliãoa. Ten vošiel do histórie pod menom Ján XXI.
2. Mikuláš IV. – netúžil stať sa pápežom
O niekoľko rokov dal však františkánsky rád Cirkvi ďalšieho pápeža. Poznáme ho pod menom Mikuláš IV. Jeho vlastné meno bolo Girolamo Mascia. Narodil sa 30. septembra 1227 v talianskom meste Capradosso (provincia Ascoli Piceno). Vstúpil do kláštora v Ascoli, stal sa kňazom a preslávil sa svojou učenosťou, zbožnosťou a múdrosťou. Deväť rokov zastával úrad provinciálneho ministra Dalmácie. V roku 1274 bol zvolený za generálneho ministra františkánskeho rádu. V službách pápežovi Gregorovi X. sa vyznamenal na misii v Konštantínopole, pápež Mikuláš III. ho poslal za nuncia k Frankom. Za kardinála bol kreovaný 12. marca 1278. V tejto hodnosti bol pápežom Honóriom IV. poslaný ako legát do Galie.

Páter Girolamo sa vraj pápežom nechcel stať. Keď ho ale 22. februára 1288 kardináli zvolili úplne jednohlasne, netrúfol si odmietnuť. Úradu sa ujal pod menom Mikuláš IV. Zomrel v povesti veľkej svätosti 4. apríla roku 1292 v Ríme. Pochovaný je v Bazilike Santa Maria Maggiore.
3. Alexander V. – tak trocha „protipápež“
Tretí františkán na Petrovom stolci je tak trochu „protipápežom“. História ho pozná pod menom Alexander V. Vlastným menom sa volal Pietro Phillarges, niektoré pramene uvádzajú Filargos, alebo Filareto. Narodil sa okolo roku 1339 v mestečku Candia na Kréte vo veľmi chudobnej rodine. Vyrastal v kláštore, u františkánov. Vďaka ním absolvoval štúdia v Taliansku, v Oxforde a v Paríži, kde napokon obhájil svoj doktorát. Pôsobil potom v Miláne, kde si ho obľúbil vplyvný šľachtic Galeazzo Visconti. Roku 1386 ho pápež Urban VI. menoval za biskupa Piacenzy. Zakrátko ho preložil do Vicenzy a roku 1388 sa stal biskupom v Novare. Ani na tomto mieste však nepobudol dlho. O štyri roky neskôr bol Bonifácom IX. menovaný za arcibiskupa v Miláne. Pápež Innocent VII. ho potom kreoval za kardinála.
Jeho cesta na pápežský stolec súvisí s drámou doby, v ktorej sa ocitol. Cirkev mala totiž dvoch pápežov. V Avignone to bol Benedikt XIII. a v Ríme Gregor XII. Parížska univerzita navrhla niekoľko riešení schizmatickej situácie. Jedným z nich bolo zvolanie ekumenického koncilu, ktorý by prinútil oboch pápežov odstúpiť z úradu a zvolil by nového pápeža. Kardináli zvolali ekumenický koncil v Pise. Dňa 25. marca 1409 sa na ňom zišli štrnásti rímski a desiati avignonskí kardináli, štyria patriarchovia, osemdesiati biskupi, deväťdesiati opáti a zástupcovia trinástich univerzít. Účastníci zvolili za pápeža františkána Pietra Phillargesa, a to jednohlasne. Páter Pietro si vybral meno Alexander V.
Avignonský a rímsky pápež však odmietli prijať závery koncilu. Ani jeden z nich sa pápežského úradu nevzdal. Problém s dvoma pápežmi sa teda nevyriešil. Cirkev ich mala od toho dňa až troch. Alexander V. sídlil v Pise. Zomrel čoskoro, 3. mája roku 1410 v Bologni. Pochovali ho v tamojšom františkánskom kostole.
Ohľadom legitimity jeho pápežstva existujú oprávnené pochybnosti. Nie je však vnímaný ako kontroverzná osobnosť. V sérii pápežských portrétov v Bazilike sv. Pavla za hradbami je vyobrazený ako 211. pápež a nasledujúci pápež s menom Alexander si dal prímenie VI. Pompézny náhrobok Alexandra V. vo františkánskom kostole v Bologni si roku 1893 uctil pápež Lev XIII. tým, že ho nechal veľkoryso obnoviť.
4. Sixtus IV. – myslel na rodinu
Štvrtým františkánom na pápežskom stolci bol Sixtus IV. Vlastným menom sa volal Francesco della Rovere. Narodil sa 21. júla 1414 v Celle pri Savone. Tam vstúpil do františkánskeho rádu. Jeho talent vynikol už počas štúdií, ktoré absolvoval v Chieri, Pavii, Bologni a zakončil doktorátom v Padove. Uplatnil sa ako profesor teológie na univerzitách v Padove, Pavii, Siene, Florencii a Perugii. V roku 1460 bol na generálnej kapitule zvolený za prokurátora františkánskeho rádu. Od 19. mája roku 1464 vykonával úrad generálneho ministra. Pápež Pavol II. ho roku 1467 kreoval za kardinála.
Pápežom sa stal o štyri roky neskôr. Po nastúpení na Petrov stolec sa prejavil ako energický a rozhodný muž. Historici mu vytýkajú obsadzovanie úradov príbuznými, prílišný dôraz na zveľaďovanie rodinných majetkov, dokonca i niekoľko škandalóznych afér. Nedá sa však poprieť, že Sixtus sa usiloval aj o vznešené ciele. Organizoval križiacku výpravu proti Turkom, ktorí ohrozovali Európu. Keď nezískal dostatočnú podporu u európskych panovníkov, s nádejou sa obrátil na Východ. V dialógu s ruským veľkokniežaťom Ivanom III. dúfal v možnosť politického spojenectva a opätovného zjednotenia ruskej pravoslávnej cirkvi s rímskou. Nezaznamenal však v tejto veci výraznejšie úspechy.

Lateránska bazilika - katedrálny chrám rímskych biskupov.
Sixtus IV. je známy predovšetkým ako podporovateľ umenia. Tento františkánsky pápež dal vybudovať tzv. Sixtínsku kaplnku, podarilo sa mu obnoviť a zmodernizovať Rím. Na rieke Tiber opravil Ponte rotto – zničený rímsky most z čias Marka Aurélia a z kameňov Kolosea nechal postaviť most známy ako Ponte Sisto (Sixtov most). Postaral sa o obnovu a zveľadenie Lateránskej baziliky. Z jeho iniciatívy bolo reštaurovaných a zveľadených mnoho rímskych kostolov. Nechal tiež vybudovať systém fontán a studničiek, čím sa výrazne zvýšil komfort pútnikov, ktorí do Ríma prichádzali zvlášť v jubilejnom roku 1475 – 1476. Pri príležitosti tohto jubilejného roka bola zreštaurovaná aj Nemocnica Ducha Svätého určená pre chudobných. Sixtus IV. zomrel 12. augusta 1484 a je pochovaný vo vatikánskej bazilike.
5. Július II. – Hrozný
Ďalší františkán, ktorý sa roku 1503 stal pápežom, bol Giuliano della Rovere zo Savony. Narodil sa 5. decembra 1443 v chudobnej rodine. Jeho rehoľný spolubrat a strýko Sixtus IV. ho kreoval za kardinála, keď bol ešte novicom v Perugii. V službách Svätej stolice pôsobil ako pápežský legát vo Francúzsku. Do svetových dejín vstúpil ako pápež Julián II. – Hrozný. Rímsky kronikár Infessura o ňom napísal: „Všetko, čo sa deje, riadi a koná celkom podľa svojej vôle.“
Pápež Július mal veľké politické ambície. Historici ho považujú za obnoviteľa svetského panovania Cirkvi a monarchu, ktorý inštitucionalizoval Švajčiarsku gardu. Podarilo sa mu značne rozšíriť hranice Pápežského štátu a zrušiť vládu cudzincov na Sicílii, v Neapole a v Miláne. V dôsledku toho sa mu zhoršili vzťahy s francúzskou vládou i tamojšími cirkevnými predstaviteľmi.

Pápež Július II. inštitucionalizoval Švajčiarsku gardu.
Július následne zvolal ekumenický snem – Piaty lateránsky koncil. Začal sa 3. mája roku 1512 a ukončený bol až pápežom Levom X. 16. marca roku 1517. Mal byť reakciou na pseudokoncil v Pise a zhoršenie vzťahov s Francúzmi, ktoré prinieslo nebezpečenstvo galikánskej schizmy. Chcel tiež reagovať na šírenie nebezpečnej teórie konciliarizmu. Koncil bol ale zle pripravený, zúčastnilo sa ho málo prelátov, trval dlho a neodviedlo sa na ňom veľa dobrej práce. Za jeho najväčší úspech sa považuje eliminovanie simónie z voľby ďalších pápežov.
Tento pápež bol veľkým podporovateľom univerzít. Ani vo vzťahu k umeniu nezaprel rodinnú tradíciu. S jeho menom sa spája vrchol rozvoja renesančného umenia v Ríme a pôsobenie umelcov ako Michalangelo, Raffaelo či Bramante. Posledného menovaného poveril Július zbúraním konštantínovskej Baziliky sv. Petra, aby následne položil základný kameň tej dnešnej.
Vkus pápeža Júliusa mal obrovský vplyv na módne trendy. Tento pápež znova zaviedol zvyk nosenia brady. Počnúc ním sa ujal aj obyčaj balzamovať telá pápežov po ich smrti. Július II. umrel 21. februára 1513 a je pochovaný v Bazilike sv. Petra, v spoločnej hrobke s jeho strýkom, pápežom Sixtom IV.
Sixtus V. – „železný pápež“
Predposledným františkánskym pápežom sa stal páter Felice Peretti, rodák z Grottamare pri Ancone (provincia Marche). V detstve bol vraj pastierom svíň. Keď mal dvanásť rokov, vstúpil do františkánskeho rádu a za svoj domov odvtedy považoval mestečko Montalto, v ktorom absolvoval noviciát. Predstavení ho vyslali na štúdia do Pesari, Iesi, Ferrari a Bologne. Následne vyučoval v Rimini a Siene cirkevné právo. Po tom, ako na univerzite vo Fermo obhájil doktorát, vyučoval teológiu na viacerých miestach, najviac však v Siene a Neapole. Stal sa známym kazateľom.
Roku 1557 vstúpil do služieb Svätej stolice. Pápež Pavol IV. ho vymenoval za generálneho inkvizítora v Marca Trevigiana. O tri roky neskôr sa pápež rozhodol povolať ho do Ríma, kde sa stal konzultorom Svätého ofícia a profesorom pápežského rímskeho kolégia. V roku 1566 ho Pius V. vymenoval za apoštolského vikára františkánskeho rádu. Krátko na to bol však zvolený za biskupa Gótov žijúcich v okolí Neapola. V roku 1570 ho svätý pápež Pius V. kreoval za kardinála a o rok na to dostal menovanie za arcibiskupa v diecéze Fermo. Do Ríma ho opäť povolal Gregor XIII. Páter Peretti sa stal v konkláve konanom 24. apríla roku 1585 jeho nástupcom na pápežskom stolci a vybral si meno Sixtus V.
Hovorí sa, že ako pápež pôsobil na ľudí veľmi prísne, preto si vyslúžil prezývku „železný pápež“. Všeobecne je však považovaný za mimoriadne schopného panovníka. Podujal sa na radikálnu reformu Rímskej kúrie. Stanovil hranicu počtu kardinálov na 70. Purpurátov rozdelil do pätnástich kardinálskych kongregácií s presne určenými kompetenciami. Diecéznym biskupom z celého sveta nariadil pravidelné návštevy Svätej stolice spojené s podávaním správ o stave diecéz.

Vatikánsku baziliku stavali počas dvadsiatich pontifikátov.
Tak, ako predošlí františkánski pápeži, aj on miloval umenie. Okrem toho, že dokončil práce na kupole novej Baziliky sv. Petra, upravil budovu pri Lateránskej bazilike, v ktorej sú uctievané Sväté schody a nechal postaviť bočnú kaplnku v Bazilike Santa Maria Maggiore. Postavil v Ríme štyri významné obelisky: vo Vatikáne, na Esquillíne, na Piazza del Popolo, a na Qurináli. Neustále bol zamestnaný stavebným úsilím, pretože z Ríma chcel vybudovať najkrajšie mesto sveta. Napriek obrovským finančným výdavkom, ktoré mala Svätá stolica počas jeho pontifikátu, zanechal po svojej smrti plnú štátnu pokladnicu.
Zomrel 27. augusta roku 1590 v apoštolskom paláci Quirinale. Jeho hrob sa nachádza v Bazilike Santa Maria Maggiore, neďaleko relikvií jasličiek. Sixtus V. zanechal svojím nástupcom nádherný pompézny Rím a dobre fungujúci Pápežský štát. Medzi ľuďmi sa však nikdy nestal obľúbeným a pravdou tiež je, že žiaden z jeho nástupcov si už meno Sixtus nevybral.
Klement XIV. – zrušil jezuitov
Františkánsky rád dal Cirkvi ešte jedného pápeža, Klementa XIV. Lorenzo Giovanni Vincenzo Antonio Ganganelli pochádzal z urodzenej rodiny. Narodil sa v mestečku Sant Arcangelo neďaleko Rimini. Do františkánskeho rádu vstúpil roku 1723 ako osemnásťročný. Noviciát absolvoval v mestečku Monduno, štúdia v Pesare, Fene a v Ríme. V roku 1731 ich ukončil doktorátom. Následne pôsobil ako profesor teológie v Ascoli, Bologni, Miláne a v Ríme, kde ho predstavení v rokoch 1740 – 1747 poverili vedením Kolégia sv. Bonaventúru. Od roku 1745 zastával úrad generálneho prokurátora pre františkánske zahraničné misie. V roku 1750 ho pápež Benedikt XIV. menoval za konzultora Svätého ofícia. V tomto období nadviazal páter Lorenzo vrúcny priateľský vzťah so sv. Alfonzom z Liguori.
Európski osvietenskí panovníci sa v tom čase usilovali obmedziť vplyv silného jezuitského rádu. Páter Ganganelli bol známy ako priateľ jezuitov, ale po kreovaní na kardinála roku 1759 sa vraj od jezuitov čoraz viac dištancoval. Ovplyvnili ho zrejme vyslanci z Francúzska, s ktorými ako kardinál nadviazal bližšie kontakty. Jeho mierna a láskavá povaha bola poznačená slabosťou v podobe váhavosti a nerozhodnosti. V konkláve po smrti Klementa XIII. bol najdôležitejšou otázkou vzťah budúceho pápeža k jezuitskému rádu. Páter Ganganelli sa tam nechal počuť, že za istých okolností má pápež právo jezuitský rád zrušiť. Krátko na to, 19. mája roku 1769, bol jednohlasne zvolený za pápeža. Členovia jezuitského rádu sa oprávnene začali obávať o ich budúcnosť. Keďže kardinál Ganganelli nebol biskupom, prijal 28. mája 1769 biskupské svätenie a na pápežský trón zasadol 4. júna ako pápež Klement XIV.

Bazilika sv. Dvanástich apoštolov v Ríme, náhrobok Klementa XIV.
Po prebratí úradu sa nový pápež ocitol pod extrémne silným tlakom európskych mocností, zvlášť francúzskeho kráľovského dvora. Hoci sa usiloval urovnať sporné záležitosti miernejšou cestou, politickému tlaku napokon nedokázal odolať a 22. júla roku 1773 vydal breve Dominus ac Redemptor, ktorým jezuitský rád zrušil. V dôsledku tohto rozhodnutia bol generálny predstavený jezuitov až do smrti uväznený na Anjelskom hrade. Jezuiti po celom svete (s výnimkou Ruska a Pruska) museli opustiť svoje domy a pôsobiska. Odísť museli i z Vatikánu, kde dosiaľ vykonávali službu penitenciárov v Bazilike sv. Petra. Pápež Klement bol k nim milosrdný. Požiadal svojich rehoľných spolubratov v kláštore pri Bazilike sv. Dvanástich apoštolov, aby prepusteným jezuitom poskytli ubytovanie. Do Vatikánu pozval potom pôsobiť konventuálnych františkánov (minoritov), ktorí do dnešného dňa plnia úlohu vatikánskych penitenciárov.
Ako každý františkánsky pápež, aj Klement XIV. miloval umenie. Časť vzácnych zbierok umeleckých diel zhromaždených vo Vatikáne sprístupnil verejnosti v známom oddelení dnešných Vatikánskych múzeí - Clementinum. Upravil predpisy pre zbor Sixtínskej kaplnky. Staral sa aj o blaho Rimanov. V okolí mesta nechal vysušovať močiare a tak sa šírili územia vhodné na osídlenie (napr. mestečko Fiumicino).
Po zrušení jezuitov žil Klement XIV. už iba niekoľko mesiacov. Zotrvával v ťažkom psychickom rozpoložení. Trpel úzkosťami a strachom z toho, že by mohol byť otrávený. Napriek tomu stihol ešte v Ríme zorganizovať veľké ľudové misie, ktoré v dňoch 31. júla – 15. augusta konali jeho rehoľní spolubratia na štyroch rímskych námestiach (Navona, S. Maria in Trastevere, Barberini, S. Giacomo Scossacavalli). Záhadné okolnosti jeho úmrtia podľa niektorých nasvedčovali, že jeho obavy o život boli oprávnené. Klement XIV. umrel 22. septembra 1774. Hovorí sa, že v hodinách agónie ho zázračným spôsobom sprevádzal jeho priateľ, sv. Alfonz z Liguori.
Pápeža Klementa pochovali vo vatikánskej bazilike, no jeho ostatky boli roku 1802 prenesené ku generálnej kúrii konventuálnych františkánov, do Baziliky sv. Dvanástich apoštolov. Jeho hrob zdobí dnes pompézny náhrobok, dielo Antonia Canovu z roku 1878. Bol to dosiaľ posledný pápež, ktorý si vybral meno Klement.